Syynä on todennäköisesti tiedostojen omistus- ja käyttöoikeudet.
Lue: Joomla ja ongelmat tiedostojen/hakemistojen oikeuksien kanssa
Eli FTP:llä siirrettyjä tiedostoja voi muokata vain FTP:llä ja Joomlalla siirrettyjä Joomlalla.
Näitä ongelmia ilmenee kun PHP:tä ajetaan Apachen modulina. Jos PHP:tä ajetaan CGI:nä niin ongelmia ei tule. Miksi niin tai näin toimitaan tai mitkä palveluntarjoajat toimivat mitenkin on pitempi kysymys eikä kuulu tämän vastauksen piiriin.
Yksi ratkaisu ongelmiin on eXtplorer, FTP:nkaltainen Joomla-komponentti tiedostojen ja kansioiden hallintaan.